Ισχυρές αντιδράσεις συνάντησε για πολλές διατάξεις του Πολυνομοσχεδίου ο ΥΕΝ, ιδιαίτερα για εκείνες που αφορούν τα Λιμάνια, την ακτοπλοία (όπως π.χ. η επίταξη πλοίων), καθώς επίσης και οι διατάξεις για το Λιμενικό Σώμα.
Πλην της Ένωσης Ελλήνων Εφοπλιστών η οποία δια του Προέδρου της κ. Θεόδωρου Βενιάμη ξεκαθάρισε πως τάσσεται υπερ του μέτρου των ατομικών συλλογικών συμβάσεων για τα κατώτερα πληρώματα στην ποντοπόρο ναυτιλία, εκτιμώντας ότι το μέτρο αυτό θα δημιουργήσει χιλιάδες νέες θέσεις εργασίας, όλοι οι άλλοι φορείς οι οποίο εμπλέκονται με τον οποιοδήποτε τρόπο στο Πολυνομοσχέδιο εξέφρασαν και συνεχίζουν να εκφράζουν τις έντονες αντιρρήσεις τους επι των διατάξεων του.
Κατά των προβλέψεων για τα Λιμάνια τάσσεται εξάλλου και το ΤΑΙΠΕΔ, ενώ αρκετές μέρες πριν έντονη υπήρξε και η αντίδραση της Διεθνούς Ναυτικής Ένωσης η οποία σε ανακοίνωση της υποστηρίζει ότι κλήθηκε να καταθέσει εγγράφως τις προτάσεις της για τα λιμάνια και ξαφνικά είδε ένα πολυνομοσχέδιο στο οποίο δεν έχει συμπεριληφθεί καμιά απο τις προτάσεις που υπέβαλε.
Αναφορικά με την επίταξη των πλοίων της ακτοπλοίας, ο Σύνδεσμος Επιχειρήσεων Επιβατηγού Ναυτιλίας τόσο με συνέντευξη τύπου της διοίκησης του, όσο και με υπόμνημα που απέστειλε εγκαίρως στον κ. Μουσουρούλη ξεκαθάρισε πως διατάξεις όπως αυτή που προβλέπει την επίταξη πλοίων σε περιπτώσεις αδυναμίας εκτέλεσης δρομολογίων απο την εταιρία δημιουργεί επιπλέον αντικίνητρο για την ύψωση της Ελληνικής σημαίας σε ακτοπλοικά πλοία.
Παρατηρητές της Ελληνικής ακτοπλοίας σχολιάζοντας τα όσα προβλέπει το πολυνομοσχέδιο για την ακτοπλοία χρησιμοποίησαν ιδιαίτερα βαριές εκφράσεις κάνοντας λόγο για «διατάξεις που αγγίζουν τα όρια της φαιδρότητας, φτιαγμένες στο γόνατο, απο άσχετους».
Η κριτική τους δεν περιορίστηκε μόνο στην πρόβλεψη της επίταξης των πλοίων, αλλά και στην προσπάθεια του υπουργού να καθορίσει ποιοί και πότε θα απολαμβάνουν ατελών ακτοπλοικών υπηρεσιών.
Ιδιαίτερα για το θέμα των εκπτώσεων ο Πρόεδρος του Συνδέσμου κ. Μιχάλης Σακέλης είχε αναφέρει πως το τι είδους εκπτώσεις θα χορηγούν οι εταιρίες της ακτοπλοίας δεν είναι ευθύνη της Πολιτείας να το καθορίσει, αλλά της ίδιας της εταιρίας.
